南京農業(yè)局
負責南京農業(yè)資源區劃和資源保護工作。擬訂農用地、耕地、基本農田質(zhì)量保護與改良措施并指導實(shí)施，依法管理耕地質(zhì)量；運用工程、農藝、農機、生物等措施，發(fā)展資源節約型、環(huán)境友好型農業(yè)。
負責南京農業(yè)和農村工作的組織領(lǐng)導及綜合協(xié)調。貫徹執行黨和國家有關(guān)農業(yè)農村經(jīng)濟工作的方針政策、法律法規，擬訂并組織實(shí)施南京種植業(yè)、畜牧業(yè)、漁業(yè)、農業(yè)機械化、農產(chǎn)品加工等農業(yè)產(chǎn)業(yè)和農村經(jīng)濟發(fā)展規劃，提出農村改革發(fā)展建議；承擔農村經(jīng)濟與社會(huì )發(fā)展預測及綜合統計工作。
負責南京農作物重大病蟲(chóng)害及動(dòng)物重大疫病防控。指導動(dòng)植物防疫和檢疫體系建設；組織、監督南京動(dòng)植物防疫檢疫工作，發(fā)布疫情并組織撲滅；組織植物檢疫性有害生物普查；承擔引進(jìn)農作物種子（種苗）檢疫工作；負責獸醫醫改、獸藥藥政監督管理、牲畜定點(diǎn)屠宰監督管理工作。
下屬機構
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農產(chǎn)品質(zhì)量安全監督管理股
依法實(shí)施符合安全標準的南京農產(chǎn)品產(chǎn)地認定、產(chǎn)品認證和農產(chǎn)品質(zhì)量安全監督管理。
承擔提升南京農產(chǎn)品質(zhì)量安全水平責任。
承擔南京農業(yè)轉基因生物生產(chǎn)加工的安全監督管理工作。
依法開(kāi)展南京農產(chǎn)品質(zhì)量安全風(fēng)險評估。
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政策法規與農情信息股
指導南京生產(chǎn)優(yōu)化布局和標準化、規?；a(chǎn)及產(chǎn)品品質(zhì)改善工作。
承辦南京耕地保護、改良和補償工作。
負責南京農業(yè)法制建設和法律法規的宣傳教育工作。
擬訂南京農業(yè)和農村經(jīng)濟信息體系建設和農產(chǎn)品市場(chǎng)流通體系建設規劃并組織實(shí)施。
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新農村發(fā)展與農田基本建設股
負責南京農業(yè)各產(chǎn)業(yè)重點(diǎn)項目的綜合平衡、審核申報，提出立項建議并監督實(shí)施。
擬定南京社會(huì )主義新農村建設、農村社會(huì )事業(yè)發(fā)展、農業(yè)生態(tài)建設、農村能源建設規劃并組織實(shí)施。
指導南京農業(yè)資源區劃工作。
組織開(kāi)展南京新農村建設試點(diǎn)、示范建設。
